嘉興學院工會是學校黨委領導下的教職工自愿結合的群眾組織，是黨聯系教職工的橋梁和紐帶。學校工會在黨委和上級工會的領導、校行政的支持下，按照《中華人民共和國工會法》和《中國工會章程》所賦予的職權，認真貫徹中央和省委關于加強和改進黨的群團工作的意見，緊緊圍繞學校中心工作，以高校立德樹人、凝心聚力為主線，積極推進學校民主決策、民主管理和民主監督，代表和維護廣大教職工合法權益，為教職工排憂解難辦實事，團結動員廣大教職工努力工作、崗位建功，為學校“十三五”發展目標的實現做出貢獻。

嘉興學院工會現有2300余名在職會員，分屬20個學院（單位）分工會。2011年12月學校工會被全國總工會評為全國“優秀基層工會”。